Na wielu basenach czepki są obowiązkowe co jest wynikiem zapobiegliwości, bądź też znakiem że nie stosuje się tam nowoczesnych metod filtrowania i dezynfekcji wody. Szacuje się, że na owłosionej skórze człowieka znajduje się nawet do 2 milionów na cm² różnych mikroorganizmów. Skóra głowy z reguły jest owłosiona więc przedstawia spory rezerwuar potencjalnego zagrożenia sanitarnego.
Gdy istnieją trudności z utrzymaniem standardów czystości wody basenowej zdarza się, że sanepid wręcz zaleca obowiązkowe stosowanie czepków. W takich okolicznościach można by postawić tezę, że wina leżeć może pośrodku. Z jednej strony stosowanie mało wydajnych systemów oczyszczania wody, z drugiej brak zwyczaju mycia się przed wejściem do basenu.
Kiedyś jednym z uzasadnień stosowania czepków było ułatwienie pracy obsłudze czyszczącej basen, w którym woda była stojąca i zmieniana raz na rok. W nowoczesnych systemach filtrowania stosuje się tak zwane łapacze włosów i włókien, które rozwiązują ten problem. Woda cyrkuluje, a pobyt włosa w niej nie jest zbyt długi.
Na skórze głowy i we włosach przebywać mogą też pasożyty i ich jaja. Chodzi tu przede wszystkim o wszy. Rodzi się więc pytanie, czy w tym przypadku czepek nie odgrywa ważnej roli prewencyjnej. Owady te jednak dosyć mocno trzymają się włosów swego żywiciela więc nie tak łatwo trafiają do wody, nawet po zamoczeniu głowy. Nie potrafią też skakać ani pływać. Potencjalnie pewne zagrożenie istnieje, jednak o wiele większe powstaje podczas używania wspólnego ręcznika, szczotki czy grzebienia lub korzystania z czepka z wypożyczalni.
Teoretycznie więc z punktu widzenia ochrony wody i innych użytkowników basenu brak czepka nie powinien stanowić znaczącego zagrożenia.
Dobrym powodem używania czepka jest natomiast ochrona włosów przed działaniem środków chemicznych stosowanych do pielęgnacji i dezynfekcji wody basenowej. Ponadto osoby ze skłonnością do infekcji kanału słuchowego mogą zabezpieczać w ten sposób uszy przed penetracją wody. Niezbędny jest tu jednak czepek szczelny, nieprzemakalny i dobrze dopasowany, np. silikonowy czy lateksowy. Według opinii części użytkowników czepków, w ogóle nie służą one do tego by uchronić włosy przed zamoczeniem lecz po to by długie włosy nie przeszkadzały w pływaniu. Oczywiście czepek stanowi też niezwykle ważny element poprawienia opływowości podczas pływania sportowego.
