Źródła wód mineralnych znane były już w XIX w. W 1878 roku, profesor chemii na Uniwersytecie Jagiellońskim Karol Olszewski dokonał pionierskich badań źródeł w okolicznych wsiach Szczawik i Jastrzębik. W 1927 roku było już czynnych w samej Muszynie siedem ujęć szczaw wapniowo-żeliazistych.
Jednak dopiero w latach 20 i 30 wieku następnego z inicjatywy burmistrza Antoniego Jurczaka i dra Seweryna Mściwujewskiego rozpoczęto działania na rzecz rozwoju uzdrowiska. W wyniku odwiertów powstały ujęcia "Antoni" i "Wanda" oraz z inicjatywy inż. Józefa Krówczyńskiego - odwierty Milusia i Piotr. Uruchomiono też łazienki do kąpieli mineralnych.
Obecnie obowiązujący status uzdrowiska prawnie nadany w 1967 roku.
Muszyna leży w Beskidzie Sądeckim, pomiędzy pasmami górskimi Jaworzyny Krynickiej i Gór Leluchowskich, w dolinie rzeki Poprad i potoków Szczawnika i Muszynki. Najwyższym punktem na obszarze gminy jest szczyt Jaworzyny Krynickiej (1114 m n.p.m.).
Muszynę okalają liczne góry: Mikowa, Koziejówka, Wielki Łazek, Malnik, Zdziar.
Gmina uzdrowiskowa Muszyna obejmuje swym zakresem wsie: Andrzejówka, Dubne, Jastrzębik, Leluchów, Milik, Powroźnik, Szczawnik, Wojkowa, Złockie i Żegiestów.
W kurorcie prowadzone jest leczenie uzdrowiskowe w następujących kierunkach leczniczych: